1、两者的性质不同。中国科学院是一个实质机构，专门负责国内顶级科学技术和学术理论的研究；而工程院是工程科技界的最高荣誉性、咨询性学术机构。2、两者任务方向不同。中国科学院为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。3、两者领域不同。4、两院院士申报条件不同。